महाराष्ट्र राज्याला ७२० कि. मी. लांबीची किनारपट्टी लाभली असून, मुंबई उपनगर व मुंबई जिल्ह्यात अंदाजे ११४ कि.मी, ठाणे व पालघर जिल्ह्यात १२७ कि. मी., रायगड जिल्ह्यात १२२ कि. मी., रत्नागिरी जिल्ह्यात २३७ कि. मी., आणि सिंधुदुर्ग जिल्ह्यात १२० कि. मी. अशी पसरलेली आहे. या किनारी भागात मुंबई बंदर विश्वस्त व जवाहरलाल नेहरु बंदर विश्वस्त ही २ मोठी बंदरे व ४८ लहान बंदरे महाराष्ट्राच्या किनारपट्टीवर आहेत. मोठया बंदरांचा कारभार केंद्र शासनाच्या अखत्यारित येतो. सन १९६३ सालापर्यत स्वतंत्र बंदर विभाग अस्तित्वात नव्हता आणि लहान बंदराचे प्रशासन राज्य शासनाने केंद्रीय उत्पादन शुल्क विभागाकडे सोपविले होते. त्यानंतर बंदराचा विकास आणि जलवाहतुकीचे नियंत्रण, परवाने, संरक्षण, विविध करवसूली हयाकरिता इमारत व दळणवळण विभागांतर्गत मुख्य बंदर अधिकारी यांचे नियंत्रणाखाली स्वतंत्र बंदर विभागाची स्थापना करण्याचा निर्णय, राज्य शासनाने दि. १.०४.१९६३ रोजी घेतला.
बंदर विभागातील नियंत्रक अधिका-यांमध्ये समन्वय रहावा हया उद्देशाने शासन निर्णय दि. ३१.०८.१९९० अन्वये, राज्य शासनाने बंदर विभागाचे प्रमुख म्हणून आयुक्त, जलपरिवहन हे भारतीय प्रशासकीय सेवेतील पद निर्माण केले आणि मुख्य बंदर अधिकारी, जलआलेखक, सागरी अभियंता व किनारी अभियंता हे विभाग प्रमुख त्यांच्या अधिपत्याखाली आणले. तसेच त्या अंतर्गत बंदरांचे पाच गट तयार करण्यात आले. प्रत्येक गट हा प्रादेशिक बंदर अधिकारी यांच्या नियंत्रणाखाली आला.
- बांद्रा बंदरे समूह-मुंबई
- मोरा बंदरे समूह-ठाणे
- राजपुरी बंदरे समूह-रायगड
- रत्नागिरी बंदरे समूह-रत्नागिरी
- सिंधुदुर्ग बंदरे समूह-सिंधुदुर्ग
तद्नंतर, ९० च्या दशकाच्या सुरवातीला केंद्र शासनाने अवलंबिलेल्या उदारीकरणाच्या धोरणाचा एक भाग म्हणून, राज्यातील लहान बंदरांचा विकास व प्रशासनाच्या कामात स्वायतत्ता आणि पुरेशी लवचिकता आणण्याकरिता महाराष्ट्र सागरी मंडळ अधिनियम, १९९६ अन्वये दिनांक २२.११.१९९६ रोजी बंदर विभागाचे महाराष्ट्र सागरी मंडळ स्थापन करण्यात आले. त्यानुसार, आयुक्त, जलपरिवहन यांचे पदनामात मुख्य कार्यकारी अधिकारी, महाराष्ट्र सागरी मंडळ असा बदल झाला.